מעגנת נמל יפו מורכבת מ-9 מזחים, כאשר מזח 10 ( שנקרא גם המשקיט הקטן ) משמש לעגינה של המשטרה הימית בלבד וכשטח תפעולי של צופי ים וחינוך ימי.
210 כלי שייט עוגנים בשטח המעגנה:
88 כלי שיט של דייגים העוגנים בנמל ועוסקים בדייג פעיל.
22 כלי שייט המיועדים לחינוך והעשרה לילדים ונוער השייכים לצופי ים, חינוך ימי ומרכז חתירה על שם דניאל.
30 כלי שיט מסחריים ( כלי שיט העוסקים בספורט ימי, תיירות, ובתי ספר ללימוד שיט)
70 כלי שיט פרטיים בבעלות פרטית.
החל משנת 2018 הושקעו במעגנה עשרות מיליונים לשם שיפוץ התשתיות והמזחים, כך למשל הוחלפו הרציפים, הותקנו פדיסטלים (מערכת להטענת חשמל ומים לסירות), הותקנה תאורת חוץ סולארית למזחים הותקנו שערים עם מנגנון שליטה מרחוק בפתח המזחים.
תוכנית הדגל הכחול
לנמל יפו ניתנה הכרה של “הדגל הכחול” תו איכות סביבתי הניתן למרינות העושות מאמץ מיוחד תוך שמירה על ונתינת כבוד לטבע ולסביבה ומספקות לציבור המשתמשים במרינה מידע בנושא הדגל הכחול מוענק על ים סביבתיים. כדי להשיג את הכרת הדגל הכחול היה על הנמל לעמוד בקריטריונים ברורים הנוגעים למידע ולחינוך סביבתי, בטיחות המתקנים ושירות ואיכות המים. ארגון סביבה עצמאי בלתי ממשלתי מיוצג בלעדית בישראל על ידי עמותת FEEהדגל הכחול מוענק על ידי Eco Ocean. ההכרה ניתנת לשנה בלבד .
